MATLAB Plugin: Accelereyes

AccelerEyes був заснований в червні 2007 для створення простого програмного забезпечення для високопродуктивного візуального обчислення. Компанії, які використовують високопродуктивні обчислення (HPC), впроваджували технології GPU, а цей надійний робочий інструмент програмного забезпечення допомагав програмістам з GPU обладнанням. Тоді як виробники апаратних засобів створюють малопродуктивні програмні засоби, як наприклад CUDA, які підтримують тільки їх власне обладнання, AccelerEyes постачає високоякісний продукт, який долає цю проблему.

Signal Processing Library: GPU VSIPL

GPU VSIPL - реалізація Vector Signal Image Processing Library , яка розрахована на GPU, і підтримує платформу NVIDIA CUDA. Покращуючи роботу процесорів 900 GFLOP/с або навіть більше, ваш додаток може досягати значного прискорення без будь-якого нарощування GPU. Додаток range-Doppler map досягає 75x прискорення на GPU просто через приєднання до GPU VSIPL.

IDL та MATLAB Acceleration: GPULib

GPULib забезпечує бібліотеку математичних функцій, які полегшують використання високопродуктивних ресурсів, доступних на сучасних графічних оброблювальних модулях (GPU) інженерами, вченими, аналітиками, та іншими технічними спеціалістам.
GPULib, від корпорації TECH-X, дозволяє цим користувачам досягати високої продуктивності обчислення з мінімальною модифікацією їх існуючих програм. Забезпечуючи прив’язку до ряду Very High Level Languages (VHLL), зокрема MATLAB і IDL, GPULib може прискорити нові додатки або бути вмонтованим в існуючі додатки з мінімальними зусиллями. Не потрібно знання GPU програмування, або керування пам'яттю.

GIS: Manifold

Manifold® System Release 8 випускає потужний, повнофункціональний і найсучасніший пакет програм Geographic Information System (GIS)- повністю інтегрований додаток. Використовуючи сучасну технологію програмного забезпечення і підсилюючи провідні Microsoft стандарти, Manifold System надає більше можливостей, більше потужності, більше якості і простоти у використанні. Manifold включає Internet Map Server (IMS) провідного класу, повну бібліотеку об'єктних модулів і середовище для створення інших додатків та GIS-активні веб-сайти. Пакет програм Manifold System варіюється від особистого використання на робочому столі до використання в межах найбільших організацій, де тисячі користувачів одночасно обробляють терабайти даних.

Молекулярна динаміка, обчислювальна хімія

Бібліотека OpenMM на GPU для прискорення молекулярної динаміки

OPENMM і OpenMM GROMACS дозволяють прискорення молекулярної динаміки на картах NVIDIA і ATI GPU.

OPENMM - нарощувана бібліотека, яка обробляє обчислення для молекулярної динаміки на високопродуктивній архітектурі обчислювальної системи для ексклюзивних карт NVIDIA і ATI GPU.
https://simtk.org/project/xml/downloads.xml?group_id=161

GROMACS використовує OpenMM

Програми, які постачаються у цьому пакеті використовуються для модифікації GROMACS 4 і дають можливість використовувати OpenMM, проводити високошвидкісні обчислення, які підтримуються NVIDIA і ATI GPU.
https://simtk.org/project/xml/downloads.xml?group_id=161#package_id600

NAMD molecular dynamics , VMD visualization of molecular dynamics

Сучасні графічні процесори (GPU) містять сотні арифметичних одиниць і можуть бути використані для потужного прискорення багатьох ресурсоємких наукових додатків. Висока гнучкість останнього покоління GPU-обладнання у поєднанні з високим рівнем мови програмування GPU, такої як CUDA, розблокували обчислювальні потужності і стали набагато доступнішими для обчислювальних наук. Ключ до ефективного використання графічних процесорів для наукових обчислень є розробка і реалізація ефективних паралельних алгоритмів даних, які можна масштабувати в сотні разів. Багато додатків молекулярного моделювання добре підходять для GPU, завдяки їх обчислювальним можливостям, і тому, що вони піддаються паралельній обробці. Використання декількох графічних процесорів може принести ще більше обчислювальної потужності для вирішення паралельних обчислювальних проблем.
http://www.ks.uiuc.edu/Research/gpu/

Молекулярна динаміка HOOMD
http://www.ameslab.gov/hoomd/

Основні зміни порівняно з 0.8.0:
• збільшено продуктивність;
• частинки можуть не бути прив’язані до одиниці маси;
• init.reset() - команда для циклів моделювання;
• файл формату PDB;
• змінена і згладжена пара потенціалів;
• пари потенційних Гауса;
• доповнені параметри аналізу* командний вивід;
• оновлення й аналіз команд можуть бути надані в нелінійний період ;
• виправлення помилок.

Acellera: ACEMD - біомолекулярний динамічний пакет

Програмне забезпечення ACEMD для біомолекулярної динаміки (MD), яке читає формати CHARMM(NAMD) і AMBER, призначене для роботи на графічних процесорах Nvidia ® (GPU) для мікросекундого моделювання.

BigDFT: DFT (теорія функції щільності) електронний структурний код

BIGDFT - масивний паралельний DFT код електронної структури основного набору вейвлетів (wavelets). Розроблений в рамках Європейської програми. Вейвлети формують набір інструментів на основі реального простору встановлені на адаптивній сітці (дворівневе рішення в нашій реалізації).
Моделювання може проводитися в граничних умовах завдяки програмному рішенні Пуассона на основі формалізму функції Гріна, періодичних систем, поверхонь та ізольованих систем. GTH або HGH псевдопонтенціали використовуються для видалення основних електронів.

Код BIGDFT доступний в ABINIT, v5.5, v5.6, v5.7 і v5.8, але також може бути завантаженим окремою версією з сайту. Програмне рішення Пуассона також може бути завантажено і використано самостійно. Програмне рішення Пуассона інтегрована в ABINIT, octopus і CP2K.

MDGPU

Обчислювальні потужності останніх відеокарт (GPU) перевищують у сотні разів потужність останніх процесорів (CPU). Наш пакет моделювання MDGPU представляє моделювання молекулярної динаміки, де максимально розвантажено обчислення на GPU і системні завдання продуктивно виконуються на CPU.

GPUGrid.net

Це суперобчислювальна інфраструктура, яка складається з багатьох відеокарт PlayStation3 і NVIDIA об'єднаних разом, щоб обробляти високопродуктивне атомне біомолекулярне моделювання. Молекулярне моделювання є одними з найбільш поширених видів робіт вчених в науковій області, але воно також є одними з найвимогливіших до обчислення та зазвичай потребує суперкомп'ютер. Запуск GPUGRID на GPUs ініціює суперобчислювальні додатки на економічно ефективній інфраструктурі, яка впливає на спосіб виконання біомедичних досліджень.

Природничі науки, біо-інформатика

GPU HMMER

Носій на GPU двигуні для MATLAB ®. Забезпечує стандартний код MATLAB для запуску на будь-якій NVIDIA CUDA GPU від GeForce 8400 до C1060 Tesla. Ідея проста - носій вводить нові типи даних в MATLAB, які дозволяють перемістити ваші дані і розрахунки на графічному процесорі.

MUMmerGPU

MUMmerGPU - це програма виведення моделі у відповідності з конфігурацією ДНК високої пропускної спроможності. Працює на графічних процесорах nVidia G80-классу. Програма виводить модель паралельно на відеокарті для досягнення більше ніж триразового прискоренням у порівнянні з тим, яке використовується в послідовній CPU програмі MUMmer.

LISSOM CUDA

LISSOM (http://homepages.inf.ed.ac.uk/jbednar/rflissom_small.html) - моделювання людського неокортекса (головним чином моделюється зорова кора) на рівні нейронного стовпця. Модель була розроблена Беднаром, Чоєм, Мікхулайненом і Сірошем в університеті штату Техас. Зробено декілька реалізацій моделі (з допомогою професора Беднара), з метою перенесення його на GPU обладнання за допомогою CUDA, nVidia. Тепер бібліотека може працювати до 9-ти разів швидше, ніж на сучасних процесорах. Проект також передбачає використання систем multiGPU і GPU кластерів, щоб вирішити дві нагальні проблеми:

- недостатність пам'яті для зберігання в мережі;
- недостатність обчислювальної потужності для імітації моделі.

Silicon Informatics: AutoDock

Silicon Informatics оголошує про реліз сервера DockStar Desk-Side, який прискорює AutoDock 4.0 в більш ніж 10 - 20 разів для протеінно-лігандних обчислень, в доступному форматі, достатньо невеликому, щоб розміститися на краю Вашого столу.

Носій GPU для MATLAB ® забезпечує стандартний код MATLAB для запуску на GPU, підключаючи MATLAB безпосередньо до швидких візуальних обчислювальних можливостей графічного процесора.
Це повноцінна і зрозуміла система, яка автоматично робить передачу даних пам'яті та виконує рішення оптимізації. Використовує оперативну систему компіляції, що дозволяє GPU функціям працювати в MATLAB. Побудований на технологіях CUDA NVIDIA.

Електродинаміка й електромагнетизм

Acceleware: FDTD Solver

Finite-difference time-domain (FDTD) - поширена техніка моделювання, яка є одним із засобів обчислювального моделювання для багатьох наукових та інженерних проблем, пов'язаних зі взаємодією електромагнітних хвиль з матеріальною структурою.

FDTD додатки для моделювання працюють в діапазоні від аналізу і оптимізації антен (радіо, телебачення і РЛС), до дизайну СВЧ потоків та впливу електромагнітних полів на організм людини (бездротового з'єднання цифрових пристроїв зв'язку і біомедичних зображений/лікування) та видимого світла (фотонних кристалів, наноплазмоніксів і біофотоніксів).

Бібліотека квантової динаміки

Швидка, паралельна, універсальна інтегрована система для QED-моделювання. Використовує Geometric Calculus і CUDA.

CST Microwave Studio

CST MICROWAVE STUDIO® - провідний обчислювальний інструмент для моделювання електромагнітного поля високої частоти. На базі Finite Integration Technique (FIT).
CST MWS забезпечує безпрецедентну продуктивність завдяки точності конформних методів у поєднанні з ефективною реалізацією.

FIT ефективно реалізований на різній комп'ютерній архітектурі. Він використовується в численних областях техніки і науки, таких, як проблеми в області дистанційного зондування, зв'язку, оптики, геофізичної розвідки, георадарування, медичної діагностики і визначення надійності не руйнуючим методом.

Медична інтроскопія, комп’ютерна томографія (КТ), ЯМР-томографія

GPULib:IDL acceleration

GPULib забезпечує бібліотеку математичних функцій, які полегшують використання високопродуктивних обчислювальних ресурсів на сучасних графічних процесорах (GPU) інженерами, ученими, аналітиками та іншими технічними фахівцями. Багато користувачів методу чисельного аналізу стають програмістами по необхідності, а не через власний вибір. Вони б віддали перевагу фокусуватися на обчисленнях, але повинні дороблювати програмне забезпечення для отримання потрібних результатів. Крім того, складнощі високопродуктивних обчислень вимагають багато часу, забираючи його у досліджень.

Acceleware: AxeRecon CT reconstruction library

Рішення Acceleware AxRecon прискорює відновлення зображення для мікро-КТ сканування з обчислювальною потужністю графічних процесорів.
Acceleware AxRecon рішення складається з Acceleware ClusterInABox ™, робочої станції HP 9400 і AxRecon Batch Manager - простим графічним інтерфейсом користувача, який дозволяє вказати і замовити сканування реконструйоване та пріоритетне в режимі реального часу.

AxRecon розганяється до 12000 «megabackprojections» в секунду, працює з Вашим поточним процесом і дозволяє вказати призначення реконструктивних даних, з рекомендованою реконструкційною матрицею, розміром 1200 x 1200 x 1200.

Digisens: програмне забезпечення для реконструкції томографії SnapCT

SNAPCT - новий плагін прискорення Digisens, який використовує потужність відео карти.
SNAPCT - початок нової ери моментальної реконструкції:

• в 10-50 разів швидше;
• зменшення Вашого бюджету втричі;
• використання еволюційних продуктів Giga Thread © NVidia;
• використання алгоритмів високої точності і високої якості 32/64-біт;
• підтримка зображень будь-якого розміру та співвідношення до 64 мега пік селів;
• реконструкції будь-якого розміру та форми до 1 Tera voxels.

Techniscan: система формування та обробки зображення Whole Breast Ultrasound (WBU)

Система TechniScan WBU є керованим програмним забезпеченням. Система призначена для максимального комфорту пацієнта під час процесу сканування, дозволяючи операторові виконувати повноцінне автоматизоване дослідження, поки пацієнт лежить із зануреною у ванну з водою кімнатної температури грудною кліткою. Ряд двовимірних зображень УЗІ потім можна переглядати на станції огляду DICOM.

NVPP: NVIDIA

NVIDIA NVPP - бібліотека функцій для прискорення виконання обробки CUDA. Первинний набір функцій в бібліотеці фокусуються на візуалізації й обробці відео та постійно використовуються розробниками. З часом NVPP зможе охопити важчі завдань обчислень. Бібліотека NVPP розроблена для покращення гнучкості, зберігаючи при цьому високу продуктивність.

Нафтогазова галузь.

Acceleware: Kirchoff and Reverse Time Migration

Kirchhoff Pre-Stack Time Migration - найбільш популярний метод міграції в сфері обробки сейсмічних даних, тому що він простий, ефективний і обґрунтований. Проте час обробки обчислень може тягнутися від тижнів до місяців. Бібліотека Acceleware AXKTM була спеціально розроблена для максимізації швидкості KPSTM, не вводячи математичної апроксимацій.

KTM – це високоякісні зображення найскладніших геологічних структур, але його широке застосування займає величезні обчислювальні ресурси, необхідні для обробки даних. Цю проблему вирішує Acceleware AXRTM.

SeismicCity: 3D seismic imaging for prestack depth migration

SeismicCity моделювання будівництва і обробка зображень глибина включає три компоненти, необхідні для успішного виконання проектів: вихідні міграційні алгоритми глибина, точна швидкість аналізу, інструменти для моделювання будівництва і аналіз даних, моделювання процесів.

OpenGeoSolutions: Spectral decomposition and inversion

Спектральне розкладання дозволяє переглядати підповерхневі сейсмічні рухи на дискретній частотах. Цей спектральний перегляд детальніший і правдоподібніший. Він показує стратиграфічний і/або структурний край, а також відносне потовщення і прорідження. Визначення провини часто перевершує методи детектування звичайних краї.

Спектральна декомпозиція також може використовувався квантитативно через нашу спектральну класифікацію та інверсійну технологію. (SEG Distinguished Lecture Program)

Спектральна інверсія

Аналітичне трасування інверсії амплітуди спектра може виявити підповерхневі розшарування. Тут ми аналітично перетворюємо спектральні перешкоди для накладення шару шаблонів. Це дозволяє нам кількісно охарактеризувати межі світо відображення та товщини шарів.

Mercury Computer systems: 3D data visualization
3D візуалізація програмного забезпечення для наукової візуалізації

Avizo Standard пропонує комплексний набір функцій, який розрахований на всі аспекти 3D візуалізації наукових даних, обробку, аналіз, комунікацію й презентацію.

ffA: 3D Seismic processing software

ffA забезпечує провідну світову газову та нафтову промисловість 3D програмним забезпеченням сейсмічного аналізу і послуг.
Програмне забезпечення ffA витягує геологічних особливостей з 3D сейсмічних даних, об'єктивно і швидше, ніж при використанні звичайних методів, щоб допомогти геоінженерам й інженерів прийняти правильне рішення з впевненістю за коротший час.
Результат - значна перевага в продуктивності та зменшення ризику на всіх етапах циклу E&P, включаючи сейсмічні інтерпретації, комплекс досліджень, визначення цілей і краще планування.

Headwave: Prestack data processing

Prestack для перекладачів дозволяє користувачам проглядати будь-який тип підбірок (shot, receiver, cmp і т.д.) в 3D у власному доменному просторі або, у разі виникнення midpoint підбірок, інтуїтивно приєднаних до відповідних poststack inline або crossline.

GIS: Manifold

Manifold® System Release 8 пропонує найпотужніший, найповніший та найсучасніший пакет геоінформаційної системи (ГІС), як повністю інтегрований додаток за низькою ціною. За допомогою сучасних програмних технологій і ефективно використовуючи основні стандарти Microsoft, Manifold System забезпечує більше можливостей, більше потужності, більше якості і більшої зручності використання в пакеті Manifold Enterprise Edition, ніж у старому пакеті ГІС вартістю на десятки тисяч доларів більше.

Обчислення у галузі фінансів

SciComp

SciFinance - технологія для створення похідних моделей ціноутворення та ризику. SciFinance автоматично проводить C/C++ модель початкового коду із стислої, ключової моделі ціноутворення. SciFinance підтримує моделювання будь-якого похідного інструменту, який може бути оцінений з використанням методів PDE або Monte Carlo.

Hanweck

Hanweck Associates - лідер у високошвидкісних фінансових обчисленнях. Вперше впроваджено комерційні обчислювальні рішення на основі GPU для фінансової індустрії - Volera ™, на основі низько-латентних, оперативних процесорах.

Exegy

Exegy пропонує апаратне прискорення приладів для сфери фінансового обслуговування, покращуючи передачу та стандартизацію ринкових даних на високій швидкості, але не за рахунок затримок або корисної функціональності. Більша кількість ринкових даних можуть передаватися швидше без збільшення експлуатаційних витрат, інтервалів або керування часом, тому що Exegy додатки розроблені на технології нетрадиційного обладнання прискорення,.

Level 3 Finance

Level 3 Finance - оперативний метод для похідного ціноутворенняю. Назва походить від бібліотек BLAS level 3, які використовувалися для фінансового моделювання.

OnEye (Australia)

Рішення OnEye's Accelerated Trading забезпечує основу для побудови алгоритмічних об'ємних та гнучких торгових рішень з невеликими затримками.

OnEye ATS надає всі необхідні інструменти для створення складних торгових стратегій, ризиків і стратегій керування та миттєво перевіряє на унікальність потоку операцій.
Розроблене з нуля, рішення включає масивно паралельні обчислювальні можливості, управління базами даних в пам'яті та високу швидкість підключення.
OnEye відповідає потребам ринку та покликане опрацьовувати великі об'єми даних на високій частоті. ATS пропонує повне налаштуванняі керування об'єктами та адаптується до вимог ринку, що постійно розвивається.

Arbitragis Trading

Arbitragis Trading є першовідкривачем у використанні паралельної апаратної архітектури для фінансових обчислень.

GPU обчислення в R-статичному середовищі

R – найпопулярніше відкрите статистичне середовище в сфері біомедичних досліджень. Проте більшість популярних реалізацій R функцій не торкаються паралельних обчислень, і можуть бути виконані на багатоядерному або кластерному обладнанні для аналізу великої кількості паралельних завдань. Сучасні графічні процесори (GPU) разом з програмними засобами, такими як набір інструментів nVidia CUDA (http://www.nvidia.com/cuda), на порядок збільшує обчислювальну ефективність багатьох поширених завдань. (http://gpgpu.org/).

Прискорення MATLAB

Accelereyes: Jacket engine for MATLAB

Пристрій - двигун GPU для MATLAB ®. Забезпечує стандартний код MATLAB для запуску на будь-якому графічному процесорі NVIDIA CUDA від GeForce 8400 до C1060 Tesla. Ідея проста - вводити нові типи даних в MATLAB, які дозволяють перемістити Ваші дані і розрахунки на GPU.

MATLAB плагін на файлах MEX

Цей плагін для CUDA MATLAB надає: прискорення стандартному середовищу MATLAB 2D FFT і CUDA/MEX, використовуючи спектральнне моделювання 2D потоку рідини MATLAB скриптів.

- Технічна нотатка по використанню плагіна

Коли MATLAB робить 2D FFT виклики будь-якого розміру, NVIDIA модуль перехоплює їх і обробляє MEX файлом, потім по черзі використовує оптимізовану CUDA FFT реалізацію на GPU.

MEX файли - потужний інструмент для виклику коду, написаного на C або FORTRAN. Не дивлячись на те, що MATLAB звертається до оптимізованої бібліотеки, ще є можливості для подальшої оптимізації. MEX файли використовувалися у минулому як спосіб виклику багатопотокових або векторізованних бібліотек. Цей документ описує спосіб використовувати MEX файлів для виклику коду на GPU і обробки передачі даних між хостом і GPU.

GPULib: математичні функції для IDL і MATLAB

GPULib забезпечує бібліотеку математичних функцій, які полегшують використання високопродуктивних обчислювальних ресурсів на сучасних графічних процесорах (GPUs) інженерами, ученими, аналітиками та іншими технічними фахівцями. Багато користувачів методу чисельного аналізу стають програмістами по необхідності, а не через власний вибір. Вони б віддали перевагу фокусуватися на обчисленнях, але повинні дороблювати програмне забезпечення для отримання потрібних результатів. Крім того, складнощі високопродуктивних обчислень вимагають багато часу, забираючи його у досліджень.

Enabling GPU Computing in the R Statistical Environment

R – найпопулярніше відкрите статистичне навколишнє середовище в сфері біомедичних досліджень. Проте більшість популярних реалізацій R функцій не торкаються паралельних обчислень, і можуть бути виконані на багатоядерному або кластерному обладнанні для аналізу великої кількості паралельних завдань. Сучасні графічні процесори (GPU) разом з програмними засобами, такими як nVidia CUDA (http://www.nvidia.com/cuda), збільшує на порядок обчислювальну ефективність багатьох поширених завдань. (http://gpgpu.org/).

Автоматизація розробки електроніки

Agilent EESof: симулятор ADS SPICE

Advanced Design System (ADS) - це потужне програмне забезпечення автоматизації електронного дизайну. Воно пропонує повну дизайн інтеграцію для конструкторів таких продуктів, як стільникові та переносні телефони, пейджери, бездротові мережі, радари і супутникові системи зв'язку і високошвидкісний цифровий зв'язок.

Інструменти моделювання пристроїв та обробки

Synopsys: Sentaraus TCAD

Technology Computer-Aided Design (TCAD) - використання комп'ютерних ігор для розробки і оптимізації технологій обробки напівпровідникових пристроїв. TCAD пропонує повний набір продуктів, який включає провідні засоби моделювання пристроїв, а також потужний графічний інтерфейс для керування моделюванням середовищем та аналізу результатів моделювання. Засоби моделювання пристроїв і процесів TCAD підтримує широкий спектр додатків, таких як CMOS, живлення, пам'ять, датчики зображення, сонячні батареї та аналогові/ RF пристрої.

Nascentric: симулятор OmegaSim GX SPICE

Nascentric ® OmegaSim ™, OmegaSim AMS і OmegaSim GX тренажери забезпечують найшвидшу і найвищу потужність, та найточнішу перевірку SPICE, й аналізу складних конструкцій нанометрів. Наші запатентовані продукти дозволяють аналізувати й оптимізувати ваші рішення зі змішаним сигналом, спеціалізовані цифрові рішення та рішення для пам'яті, які принаймні вдесятеро швидше, ніж всі інші інструменти. Nascentric технологія дозволяє командам розробникам точно проаналізувати та функціонально перевірити складніші схеми, «post-place» і шлях, з мільйонами «parasitics», тим самим зменшуючи ітерацію, покращуючи якість і сприймання.

Gauda: Optical proximity correction (OPC)

Унікальна перевага Gauda полягає в інтелектуальному секціонуванні алгоритмів серед доступних обчислювальних ресурсів, які знаходяться у всіх комп'ютерах і алгоритмах, щоб скористатися обчислювальною потужністю доступного обладнання.

Моделюванні погоди та океану

CUDA-accelerated WRF code

Ми працюємо для виявлення ключових обчислювальних ядер в динаміці та фізиці NWP моделей , Weather Research and Forecast (WRF) моделей.

Цілі: (1) характеризувати і моделювати продуктивність ядер з погляду обчислювальної інтенсивності, даних, пропускної спроможності пам'яті, накопичувачів та ін. (2) перерахування і класифікування ефективних стратегій для кодування і оптимізації нових процесорів (3) оцінка складностей і можливостей інструменту або підтримка мов вищого рівня і (4) створення постійного набору показників ядра, які можуть використовуватися для оцінки і порівняння ефективності поточних і майбутніх конструкцій мульти- ядерних процесорів для додатків.